Αρμόδια όργανα για τη λειτουργία του Π.Μ.Σ., σύμφωνα με το Νόμο 4957/2022, είναι:
η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών
η Σύγκλητος
η Συνέλευση του Τμήματος Βιολογίας
η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.)
ο/η Διευθυντής/τρια του Π.Μ.Σ.
Επίσης, το Π.Μ.Σ. υποστηρίζεται γραμματειακά από:
α) τη Γραμματεία του Τμήματος, η οποία είναι αρμόδια για τη γραμματειακή και διοικητική υποστήριξη του Π.Μ.Σ.
β)Εξωτερικό συνεργάτη για τη γραμματειακή και διοικητική υποστήριξη, ο οποίος βρίσκεται υπό την επιστασία της Γραμματείας του Τμήματος.