Το ΠΜΣ «Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία» πρωτοϊδρύθηκε με το όνομα «Βιοπληροφορική» το 2003 μετά από πρόταση του μέλους ΔΕΠ, Ομοτ. Καθηγητή Σταύρου Ι. Χαμόδρακαꝉ προς το Τμήμα Βιολογίας, και κατόπιν έγκρισης από το ΥΠΕΠΘ (ΦΕΚ 773/17-06- 2003). Σχεδιάστηκε με τα κριτήρια ενός υψηλού επιπέδου προγράμματος μεταπτυχιακών σπουδών, με βάση τις διεθνείς πρακτικές της εκπαιδευτικής ανταγωνιστικότητας και αριστείας, με στόχο, αφενός μεν, τη συγκράτηση εντός της χώρας μέρους του εξειδικευμένου επιστημονικού δυναμικού, αφετέρου δε, τη συγκράτηση ενός μεγάλου ποσοστού από τους καλύτερους αποφοίτους του ελληνικού πανεπιστημιακού συστήματος, οι οποίοι θα μετέβαιναν για μεταπτυχιακές σπουδές στο εξωτερικό.
Το ανανεωμένο πρόγραμμα σπουδών συνεχίζει να καταβάλλει κάθε δυνατή προσπάθεια για την εξασφάλιση υψηλής ποιότητας σπουδών αλλάζοντας ριζικά τον τρόπο µε τον οποίο πραγματοποιείται η Βιολογική έρευνα σήμερα. Στόχος του προγράμματος είναι να εξοπλίσει νέους επιστήμονες Βιοπληροφορικής α) με τα βασικά εφόδια για τη συνέχιση των σπουδών τους σε επίπεδο διδακτορικής διατριβής, β) με τις βασικές γνώσεις για να σταδιοδρομήσουν σε θέσεις Βιοπληροφορικής στον ακαδημαϊκό χώρο ή τη βιομηχανία, και γ) με τις βασικές δεξιότητες για να ξεκινήσουν πιθανόν τη δική τους εταιρεία. Με το πέρας των σπουδών, αναμένεται οι απόφοιτοί του να έχουν αποκτήσει τα προσόντα και να έχουν αναπτύξει τις πρακτικές δεξιότητες για να προωθήσουν την καριέρα τους σε έναν τομέα αιχμής, κατακτώντας κορυφαίες θέσεις εργασίας ως αναλυτές βιοπληροφορικής, τεχνικοί βιοπληροφορικής, επιστήμονες βιοϊατρικών δεδομένων σε πανεπιστήμια, ερευνητικά κέντρα, νοσοκομεία, ή βιοτεχνολογικές εταιρείες, ως επιστήμονες της βιομηχανίας φαρμάκων, ως βιοστατιστικοί, ή ως προγραμματιστές τεχνητής νοημοσύνης (AI) στο χώρο της βιοϊατρικής.
Το ΠΜΣ «Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία» προσαρμόζεται συνεχώς σε όλες τις σύγχρονες απαιτήσεις, λαμβάνοντας συνεχώς υπόψη τη δυναμική του κλάδου, μέσα από την πολυετή εμπειρία των συµµετεχόντων. Οι διδάσκοντες προέρχονται από ένα εύρος επιστημονικών πεδίων καθώς και τα γνωστικά αντικείμενα που καλύπτονται από το πρόγραµµα σπουδών ποικίλουν από α) αντικείμενα της σύγχρονης Βιολογικής επιστήμης, σε β) εφαρμοσμένα Μαθηματικά και Πληροφορική μέχρι γ) εξειδικευμένα θέµατα Βιοπληροφορικής – Υπολογιστικής Βιολογίας. Τα παραπάνω, σε συνδυασμό µε αντικείμενα γενικότερου ενδιαφέροντος, την ανάπτυξη, μέσω σεμιναρίων, ειδικών θεμάτων που αφορούν τομείς αιχμής για την αγορά, και τη διεξαγωγή Διπλωματικής Εργασίας, δίνουν τη δυνατότητα στο ΠΜΣ να καλύψει την απαίτηση για εκπαίδευση υψηλού επιπέδου ειδίκευσης, η οποία θα δώσει τα βασικά εφόδια σε νέους επιστήµονες για να εισέλθουν στο δυναμικά αναπτυσσόμενο χώρο της Βιοπληροφορικής.