ΠΡΟΓΡΑΜΜΑ ΣΠΟΥΔΩΝ

Το Π.Μ.Σ. ξεκινά το χειμερινό εξάμηνο εκάστου ακαδημαϊκού έτους.

Για την απόκτηση διπλώματος του Π.Μ.Σ. απαιτούνται συνολικά εκατόν είκοσι (120) πιστωτικές μονάδες (ECTS). Τα μαθήματα του Π.Μ.Σ. μπορούν να διδάσκονται καθ’ όλη τη διάρκεια ενός ακαδημαϊκού εξαμήνου με σταθερές ώρες ανά εβδομάδα, ή να διδάσκονται εντός μερικών εβδομάδων με αντίστοιχη αύξηση του αριθμού των εβδομαδιαίων ωρών. Τα μαθήματα, κατά περίπτωση, μπορεί να περιλαμβάνουν και εργαστηριακές ασκήσεις ή/και σεμινάρια.

Η διδασκαλία των μαθημάτων γίνεται διά ζώσης ή εξ αποστάσεως, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία και όσα ορίζονται στο άρθρο 7 του παρόντος κανονισμού.

Κατά τη διάρκεια των σπουδών, οι μεταπτυχιακοί φοιτητές/τριες υποχρεούνται σε παρακολούθηση και επιτυχή εξέταση μεταπτυχιακών μαθημάτων καθώς και εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας.

Η εκπόνηση της διπλωματικής εργασίας πραγματοποιείται στο Γ’ και στο Δ’ εξάμηνο σπουδών και πιστώνεται με σαράντα δύο (42) ECTS.

Η γλώσσα διδασκαλίας είναι η ελληνική και κατά περίπτωση η αγγλική (π.χ. πρόσκληση ξένων ομιλητών), ενώ η γλώσσα συγγραφής της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας είναι η ελληνική ή η αγγλική.

Για την επιτυχή περάτωση των σπουδών, κάθε μεταπτυχιακός φοιτητής πρέπει να παρακολουθήσει, ασκηθεί και εξεταστεί με επιτυχία στα έντεκα (11) υποχρεωτικά μαθήματα που προσφέρει το ΠΜΣ, σε δύο (2) μαθήματα επιλογής, και στη Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία. Δίνεται η δυνατότητα στους μεταπτυχιακούς φοιτητές να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν σε όλα τα μαθήματα επιλογής που προσφέρει το ΠΜΣ, αλλά για υπολογισμό του τελικού βαθμού θα πρέπει να επιλέξουν δύο (2) μόνο από αυτά και να ενημερώσουν την Γραμματεία του Τμήματος.

Τα μαθήματα επιλογής δύναται να τροποποιούνται κατ’ έτος τόσο σε αριθμό όσο και σε περιεχόμενο και δεν μπορούν να είναι λιγότερα από δύο (2).

Οι ΜΦ λαμβάνουν γνώση του περιεχομένου των μαθημάτων από τον παρόντα κανονισμό λειτουργίας και δηλώνουν τις προτιμήσεις τους στην αρχή του Γ’ και Δ’ εξαμήνου. Εκ των υστέρων δεν υπάρχει δυνατότητα αλλαγής μαθημάτων.

Για την πραγματοποίηση μαθήματος επιλογής απαιτείται η δήλωσή του από το 30% των φοιτητών του Π.Μ.Σ. κατά το συγκεκριμένο έτος.

Το αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων (τίτλοι μαθημάτων, περιεχόμενο και διδάσκοντες) αποφασίζεται από τη Σ.Ε. Σε κάθε μάθημα γίνεται ανάθεση σε έναν ή περισσότερους διδάσκοντες και ορίζεται ένας/μια συντονιστής/στρια,  που είναι διδάσκων/ουσα του Π.Μ.Σ..  Η ύλη των μαθημάτων μπορεί να τροποποιείται ύστερα από εισήγηση των διδασκόντων και έγκριση της Σ.Ε. Προβλέπονται τακτικές συναντήσεις των συμμετεχόντων στη διδασκαλία μαθημάτων συγγενούς γνωστικού αντικειμένου, με ευθύνη του Διευθυντή του ΠΜΣ, με στόχο την εναρμόνιση του περιεχομένου κάθε μαθήματος.

Το ενδεικτικό πρόγραμμα των μαθημάτων διαμορφώνεται ως εξής:

Α΄ Εξάμηνο
Μαθήματα Υποχρεωτικά	ώρες διδ./εξάμ.	ECTS
Μοριακή Βιολογία και Γονιδιωματική	39	6
Βιομοριακή Δομή και Λειτουργία	39	6
Γλώσσες Προγραμματισμού και Εργαλεία Λογισμικού στη Βιοπληροφορική Ι	39	6
Στατιστική στη Βιοπληροφορική	39	6
Αρχές και Μέθοδοι Βιοπληροφορικής	39	6
Σύνολο	195	30
Β΄ Εξάμηνο
Μαθήματα Υποχρεωτικά	ώρες διδ./εξάμ.	ECTS
Υπολογιστική Ανάλυση Αλληλουχιών Βιομακρομορίων	39	6
Υπολογιστική Ανάλυση Δομών  Βιομακρομορίων	39	6
Γλώσσες Προγραμματισμού και Εργαλεία Λογισμικού στη Βιοπληροφορική ΙΙ	39	6
Μοριακή Αναγνώριση – Ασθένειες – Δομικός Σχεδιασμός Φαρμάκων	39	6
Μεθοδολογία της Έρευνας	39	6
Σύνολο	195	30
Γ΄ Εξάμηνο
Μαθήματα Υποχρεωτικά	ώρες διδ./εξάμ.	ECTS
Η πληροφορική στη μελέτη και προστασία της Βιοποικιλότητας	39	6
Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας (έναρξη)		12
Μαθήματα Επιλογής (*)
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Ι	39	6
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής ΙΙ	39	6
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής ΙΙΙ	39	6
Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής ΙV	39	6
Σύνολο	195	30
Δ΄ Εξάμηνο		ECTS
Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής (ολοκλήρωση) εργασίας		30
Σύνολο		30

* Μαθήματα Επιλογής: Ο φοιτητής επιλέγει υποχρεωτικά δύο (2) μαθήματα ώστε να συμπληρώνεται το άθροισμα των τριάντα (30) ECTS κατά το Γ’ εξάμηνο σπουδών (ή των 120 ECTS για την απόκτηση Δ.Μ.Σ.).

 

Περιεχόμενο/Περιγραφή μαθημάτων

Α) Μαθήματα Υποχρεωτικά

Μοριακή Βιολογία και Γονιδιωματική

Σκοπός του μαθήματος είναι η κατανόηση των βασικών εννοιών της Μοριακής Βιολογίας που σχετίζονται με τη ροή της πληροφορίας και τη φύση του γενετικού υλικού καθώς και η κατανόηση μηχανισμών, με έμφαση στα φαινόμενα ρύθμισης. Επιπρόσθετος στόχος είναι να γνωρίσουν οι φοιτητές τις αρχές στις οποίες στηρίζονται οι σημαντικότερες τεχνικές αιχμής της Μοριακής Βιολογίας και να κατανοήσουν τις εφαρμογές των τεχνικών αυτών στη βασική και στην εφαρμοσμένη έρευνα. Επιπλέον, το μάθημα εισάγει τους φοιτητές στο σύγχρονο και ραγδαία εξελισσόμενο πεδίο της  Γονιδιωματικής, και ειδικότερα στις εφαρμογές που σχετίζονται με την ανθρώπινη υγεία, τη  βιοτεχνολογία και την εξατομικευμένη ιατρική, και τους βοηθά να εξοικειωθούν στη χρήση γονιδιωματικών βάσεων δεδομένων και να προβληματιστούν πάνω στις ηθικές και κοινωνικές διαστάσεις της γονιδιωματικής έρευνας.

Βιομοριακή Δομή και Λειτουργία

Στόχος του μαθήματος είναι η μελέτη της δομής των βιομορίων που συνιστούν τους οργανισμούς και η κατανόηση των τρόπων με τους οποίους τα βιομόρια, αλληλεπιδρούν μεταξύ τους, συγκροτούν οργανωμένες υπερμοριακές δομές, υφίστανται δομικές μεταβολές, προκειμένου να ερμηνευτούν οι ιδιότητες και οι λειτουργίες των οργανισμών. Το μάθημα εστιάζει σε θέματα αρχιτεκτονικής πρωτεϊνών με τη βοήθεια αρχών στερεοχημείας και στερεοδιαταξικών αναλύσεων, αξιοποιώντας πραγματικά μοριακά μοντέλα, και επεκτείνεται μέχρι τις στερεοδιαταξικές ασθένειες-αμυλοειδώσεις που σχετίζονται με το λανθασμένο δίπλωμα των πρωτεϊνών. Επίσης, εξετάζονται αναλυτικά οι ασθενείς αλληλεπιδράσεις και ο ρόλος τους στο δίπλωμα των πρωτεϊνικών μορίων, καθώς και αυτός της δομής του νερού, και αναλύονται θέματα ανάπτυξης υπολογιστικών εργαλείων για τη μελέτη και το σχεδιασμό βιομοριακών συμπλόκων και βιοϋλικών.

Γλώσσες Προγραμματισμού και Εργαλεία Λογισμικού στη Βιοπληροφορική Ι

Σκοπός του μαθήματος είναι η κατανόηση των βασικών αρχών των γλωσσών προγραμματισμού και η χρήση τους στην ανάπτυξη προγραμμάτων που επιλύουν μαθηματικά προβλήματα, αλλά και προβλήματα που αφορούν βιολογικά δεδομένα. Στο πλαίσιο του μαθήματος διδάσκονται οι γλώσσες προγραμματισμού C και R. Κατά την εκμάθηση της γλώσσας προγραμματισμού C διδάσκονται θέματα δομημένου και αρθρωτού προγραμματισμού, ο τρόπος ορισμού μεταβλητών και σταθερών, καθώς και η χρήση μοναδιαίων και δυαδικών τελεστών για το σχηματισμό αριθμητικών, λογικών και σύνθετων εκφράσεων. Επίσης, αναλύονται οι μηχανισμοί διαχείρισης μνήμης καθώς και οι κλάσεις μεταβλητών ενός προγράμματος. Βασικός στόχος είναι η δημιουργία σύνθετων δομών δεδομένων, καθώς και ο σχεδιασμός αυτόνομων προγραμμάτων με την εφαρμογή μεθόδων επικοινωνίας του κάθε προγράμματος με το λειτουργικό σύστημα στο οποίο εκτελείται. Η κατανόηση και εφαρμογή των παραπάνω επιτυγχάνεται τόσο σε θεωρητικό όσο και σε πρακτικό επίπεδο μέσω υποχρεωτικών εργαστηριακών ασκήσεων.

Στόχος της εκμάθησης της στατιστικής γλώσσας προγραμματισμού R είναι η εκμάθηση και η εφαρμογή προγραμματιστικών τεχνικών σε προβλήματα μαθηματικών, στατιστικής και πιθανοτήτων. Στο πλαίσιο του μαθήματος οι φοιτητές εξοικειώνονται με το περιβάλλον της R (εντολές, παράθυρα, μενού), με αριθμητικές πράξεις και παραστάσεις στην R, μαθαίνουν τον ορισμό και τη διαχείριση αντικειμένων, τις εντολές ελέγχου και επανάληψης, τις συναρτήσεις στην R, και εκπαιδεύονται στην ανάπτυξη προγραμμάτων και στην κατασκευή πολλαπλών γραφημάτων λαμβάνοντας υπόψιν τα σύγχρονα προβλήματα διαχείρισης δεδομένων στη βιολογία.

Στατιστική στη Βιοπληροφορική

Στόχος του μαθήματος είναι η απόκτηση βασικών γνώσεων Στατιστικής ανάλυσης για την κατάλληλη επιλογή μαθηματικών εννοιών μέσω των οποίων θα μπορούν να μοντελοποιηθούν ιατροβιολογικά προβλήματα, καθώς και η αξιοποίηση των γνώσεων αυτών σε εφαρμογές της επιστήμης των υπολογιστών. Στα πλαίσιο του μαθήματος διδάσκονται θεμελιώδεις μέθοδοι στατιστικής ανάλυσης σχετικές με τις μεθόδους στατιστικής ανάλυσης που απαντώνται στη θεμελίωση και στην εφαρμογή της επιστήμης των υπολογιστών και μέθοδοι εξόρυξης δεδομένων χρησιμοποιώντας κατάλληλους αλγορίθμους μηχανικής μάθησης. Επιπλέον, συζητούνται συγκεκριμένα παραδείγματα εφαρμογών σε ιατροβιολογικά ζητήματα, στη χρήση νέων Τεχνολογιών με τη βοήθεια προγραμμάτων όπως είναι το Matlab, το SPSS , η R και το Weka.

Αρχές και Μέθοδοι Βιοπληροφορικής

Σκοπός του μαθήματος είναι η κατανόηση των βασικών αρχών και μεθόδων της Βιοπληροφορικής και η κατάδειξη, τόσο μέσω διαλέξεων όσο και μέσα από πρακτική εργαστηριακή ενασχόληση, του τρόπου με τον οποίο η Βιοπληροφορική έχει διαφοροποιήσει τον τρόπο με τον οποίο διεξάγεται η σύγχρονη έρευνα στις Βιολογικές Επιστήμες. Στο πλαίσιο του μαθήματος οι φοιτητές μετά από μια αναλυτική ιστορική διαδρομή του νεοσύστατου κλάδου της Βιοπληροφορικής έρχονται σε επαφή με τη χρήση προγραμμάτων μοριακών γραφικών, με τις σημαντικότερες βάσεις βιολογικών δεδομένων, με μεθόδους μοριακής αγκυροβόλης, σχεδιασμού εκκινητών για αντιδράσεις PCR, και ανάλυσης αποτελεσμάτων -ομικής (-omics), με τις οντολογίες, την ανάλυση βιολογικών δικτύων (γράφων), τα τεχνητά νευρωνικά δίκτυα, τα κρυμμένα μαρκοβιάνα μοντέλα (HMM) και τις εφαρμογές τους στη Βιοπληροφορική.

Υπολογιστική Ανάλυση Αλληλουχιών Βιομακρομορίων

Στόχος του μαθήματος είναι η κατανόηση και η εξοικείωση με τις βασικές έννοιες της Υπολογιστικής Ανάλυσης Αλληλουχιών Βιομακρομορίων όχι μόνο στη θεωρία αλλά και στην πράξη. Ο φοιτητής πρέπει να είναι σε θέση να γνωρίζει τη θεωρία πίσω από τους βασικούς σχετικούς βιοπληροφορικούς αλγόριθμους, και να μπορεί να σχεδιάσει και δικούς του. Στο πλαίσιο του μαθήματος αναλύονται θέματα πολλαπλής και κατά ζεύγη στοίχισης αλληλουχιών και αναζήτησης ομοιοτήτων σε βάσεις δεδομένων, αλγορίθμων πρόγνωσης πρωτεϊνών και DNA, καθώς και πρόγνωσης δευτεροταγούς δομής πρωτεϊνών, ανάλυσης γονιδιωμάτων, αναπαράστασης αλληλουχιών καθώς και γλωσσολογικών χαρακτηριστικών του γενετικού μηνύματος.

Υπολογιστική Ανάλυση Δομών Βιομακρομορίων

Σκοπός του μαθήματος είναι η εκμάθηση τεχνικών και μεθόδων Δομικής Βιοπληροφορικής, για τη διαχείριση δεδομένων που αφορούν τη δομή και τις αλληλεπιδράσεις βιομακρομορίων και μικρών μορίων, οι οποίες οδηγούν σε δεδομένες βιολογικές αποκρίσεις/λειτουργίες. Στο πλαίσιο του μαθήματος παρουσιάζονται μέθοδοι προσδιορισμού και μοντελοποίησης της 3D δομής των πρωτεϊνών καθώς και μέθοδοι προσδιορισμού της δευτεροταγούς τους δομής, οι βασικές αρχές και εφαρμογές της Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας (ΗΜΔ, ΗΜΣ, Κρυο-ηλεκτρονική μικροσκοπίας) καθώς και ολοκληρωμένες προσεγγίσεις της Δομικής Βιολογίας με εφαρμογές στην Υγεία και τη Βιοτεχνολογία.

Γλώσσες Προγραμματισμού και Εργαλεία Λογισμικού στη Βιοπληροφορική ΙΙ

Στόχος του μαθήματος είναι η συμπλήρωση του βασικού κορμού γνώσεων Βιοπληροφορικής-Υπολογιστικής Βιολογίας με δύο γλώσσες προγραμματισμού, την Perl και την  Python, για την επίλυση σύνθετων προβλημάτων βιοπληροφορικής, όπως την ανάλυση βιολογικών δικτύων, τις γονιδιωματικές αναλύσεις και τις αναλύσεις γονιδιακής έκφρασης, τα προβλήματα διαχείρισης αλληλουχιών, τις αναζητήσεις προτύπων και της ταξινόμησης αλληλουχιών. Μετά το πέρας των μαθημάτων οι φοιτητές θα μπορούν να δημιουργούν υπολογιστικά προγράμματα και με τις δύο γλώσσες προγραμματισμού Perl και Python, τόσο για την υλοποίηση λύσεων σε αλγοριθμικά προβλήματα με έμφαση στη βιοπληροφορική, όσο και για τη χρήση βιβλιοθηκών μηχανικής μάθησης και βαθέων νευρωνικών δικτύων για την επίλυση προβλημάτων μηχανικής μάθησης στο ίδιο επιστημονικό πεδίο.

Μοριακή Αναγνώριση – Ασθένειες –Δομικός Σχεδιασμός Φαρμάκων

Σκοπός του μαθήματος είναι να προσφέρει μια ενδελεχή παρουσίαση των διαδικασιών που απαρτίζουν την πορεία ανακάλυψης και ανάπτυξης νέων φαρμάκων, με έμφαση στις μεθοδολογίες ορθολογικού σχεδιασμού βιοδραστικών μορίων μικρού μοριακού βάρους. Επιδιώκεται η εξοικείωση του φοιτητή με τις διαφορετικές επιστημονικές προσεγγίσεις που εφαρμόζονται στα διαδοχικά στάδια της ανάπτυξης και σχεδιασμού νέων φαρμάκων και διδάσκεται ο ρόλος και η σημασία καθεμιάς από αυτές για την επίτευξη του επιδιωκόμενου αποτελέσματος, ώστε στο τέλος της περιόδου, ο φοιτητής να μπορεί να αναπτύξει κριτική σκέψη γύρω από τους διαφόρους παράγοντες που καθορίζουν την συνολική αξία των εκάστοτε μελετώμενων μορίων ως εν δυνάμει φαρμάκων, και να την αξιοποιήσει τόσο στην κατανόηση της βιολογικής ή θεραπευτικής τους δράσης όσο και στην διαχείριση βασικών ερευνητικών ερωτημάτων που πιθανόν να προκύψουν στην μετέπειτα επαγγελματική του διαδρομή.

Μεθοδολογία της Έρευνας

Στόχος του μαθήματος είναι η παροχή γνώσεων που αφορούν στη μεθοδολογία της επιστημονικής έρευνας. Περιλαμβάνει θέματα όπως, τις αρχές της ερευνητικής μεθοδολογίας, τη συγγραφή, αξιολόγηση και δημοσίευση αποτελεσμάτων μιας έρευνας στον επιστημονικό τύπο, την επιλογή επιστημονικού περιοδικού, τη χρήση εργαλείων διαχείρισης βιβλιογραφικών αναφορών, τη δομή μιας ερευνητικής εργασίας, την αξιολόγηση μιας εργασίας με το σύστημα των κριτών, μέσω των οποίων να μπορούν οι φοιτητές να  σχεδιάζουν και να διεξάγουν μικρής ή μεγάλης κλίμακας επιστημονική έρευνα, να αξιολογούν και να αξιοποιούν ευρήματα ερευνών και δεδομένα, και να υποστηρίζουν την επιστημονική τους έρευνα σε επίπεδο σεμιναρίων.

Η πληροφορική στη μελέτη και προστασία της Βιοποικιλότητας

Σκοπός του μαθήματος είναι η μελέτη της ποικιλότητας των οργανισμών, η κατανομή των οργανισμών στο χώρο και το χρόνο, οι απειλές που δέχεται η βιοποικιλότητα, οι τρόποι διατήρησής της, η ικανότητα εξόρυξης δεδομένων από βάσεις και βιβλιοθήκες με σκοπό την αποτελεσματική προστασία της βιοποικιλότητας, η χρήση πληροφοριακών συστημάτων στην οργάνωση και μελέτη μουσειακών συλλογών, ο σχεδιασμός δειγματοληψιών με νέες τεχνολογίες (γεωεπισκόπηση, δορυφορική τηλεπισκόπηση, μικρουπολογιστικοί καταγραφείς πεδίου κ.α.). Στους στόχους του μαθήματος περιλαμβάνονται η απόκτηση γνώσεων για τη βιοποικιλότητα της Γης και ειδικότερα της Ελλάδας, αλλά και για τη μελέτη της ποικιλότητας μέσω εφαρμογών βιοπληροφορικής.

Εκπόνηση μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας

Η Διπλωματική Εργασία συνιστά μια αυτοτελή επιστημονική και συστηματική προσέγγιση για την ανάλυση ενός ερευνητικού ερωτήματος του τομέα της Βιοπληροφορικής-Υπολογιστικής Βιολογίας, και τη σύνθεση μιας λύσης, ενώ στηρίζεται στην υπάρχουσα βιβλιογραφία ή/και άλλες ερευνητικές μελέτες. Η Διπλωματική Εργασία η οποία διεξάγεται υπολογιστικά, με in silico πειράματα, έχει ερευνητικό, μελετητικό, αναπτυξιακό ή εφαρμοσμένο χαρακτήρα. Στόχος της είναι να δώσει τη δυνατότητα στον μεταπτυχιακό φοιτητή να εξασκηθεί στην ερευνητική μεθοδολογία και στην αντιμετώπιση πρακτικών προβλημάτων τα οποία δημιουργούνται κατά τη διαδικασία της διεξαγωγής της.

Β) Μαθήματα Επιλογής

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής Ι

(Δομές Δεδομένων – Βάσεις Δεδομένων – Σχεδιασμός Βάσεων Βιολογικών Δεδομένων)

Στόχος του μαθήματος είναι η κατανόηση των βασικών τρόπων δόμησης των δεδομένων στη μνήμη καθώς και των βασικών αρχών των Βάσεων Δεδομένων, και η εξοικείωση με τη διαδικασία δημιουργίας μιας βάσης δεδομένων. Με την επιτυχή ολοκλήρωση του μαθήματος ο φοιτητής/τρια θα είναι σε θέση να χρησιμοποιεί τις βασικές εντολές της γλώσσας SQL, να δημιουργεί βάσεις δεδομένων για την αποθήκευση βιολογικών δεδομένων, και να χρησιμοποιεί τις κατάλληλες δομές δεδομένων στη μνήμη για την επεξεργασία των δεδομένων που έχει εξάγει από μία Βάση Δεδομένων.

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής II

(Αρχιτεκτονική Εφαρμογών Διαδικτύου και Βιοπληροφορική)

Το μάθημα εστιάζει στο σχεδιασμό και την ανάπτυξη σύγχρονων εφαρμογών διαδικτύου βιοπληροφορικής με έμφαση στις εφαρμογές του παγκόσμιου ιστού. Παρουσιάζει την αρχιτεκτονική και την υποδομή του παγκόσμιου ιστού και την αρχιτεκτονική εφαρμογών πελάτη/εξυπηρετητή (client/server) με έμφαση στην αρχιτεκτονική των εφαρμογών παγκόσμιου ιστού πολλών στρωμάτων. Τα θέματα που καλύπτονται περιλαμβάνουν τις ακόλουθες γνωστικές περιοχές και τεχνολογίες: λειτουργία εξυπηρετητών/περιηγητών ιστού (Web Server/Web Browser), το πρωτόκολλο HTTP, τις γλώσσες HTML/CSS και Javascript/Typescript, τα συστήματα διαχείρισης σχεσιακών βάσεων δεδομένων στο διαδίκτυο (MySQL), τεχνολογίες νωτιαίου άκρου (Backend): Servlets, Υπηρεσίες Ιστού RESTful, αντικειμενοσχεσιακή απεικόνιση (Object-Relational Mapping), δεξαμενές συνδέσεων (connection pooling), tεχνολογίες μετωπιαίου άκρου (Frontend): JSP, Javascript, Angular και πρότυπα αρχιτεκτονικής εφαρμογών παγκόσμιου ιστού (Model 1, Model-View-Controller).

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής III

(Πολύπλοκα Βιολογικά Συστήματα)

Ο στόχος αυτού του μαθήματος είναι διπλός. Αφενός, σε θεωρητικό επίπεδο, αποσκοπεί στην εξοικείωση των φοιτητών με τις μεθόδους και τις τεχνικές του διεπιστημονικού χώρου των πολυπλόκων προσαρμοστικών συστημάτων, όπως εφαρμόζονται για τη δυναμική μοντελοποίηση και θεωρητική μελέτη πλήθους βιολογικών προβλημάτων σε όλα τα επίπεδα ανάλυσης, προσφέροντας παράλληλα μία βασική θεωρητική κατάρτιση που να επιτρέπει την αναγνώριση νέων προβλημάτων που θα επιδέχονται αυτόν τον τρόπο μοντελοποίησης και μελέτης. Αφετέρου, σε πρακτικό επίπεδο, αποσκοπεί στον πειραματισμό με κάποια συστήματα, ή/και στη μοντελοποίηση κάποιων πολυπλόκων δυναμικών φαινομένων, και στη συστηματική διερεύνηση και αξιολόγηση εναλλακτικών μοντέλων και αντιστοίχων αποτελεσμάτων, τόσο σε σχέση με το ουσιαστικό τους περιεχόμενο όσο και μεθοδολογικά.

 

Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής IV

(Τεχνολογίες Μικροσυστοιχιών και Εφαρμογές)

Σκοπός του μαθήματος είναι η εξοικείωση των φοιτητών με την ανάλυση δεδομένων μικροσυστοιχιών και αλληλούχισης νέας γενιάς (NGS). Οι φοιτητές θα γνωρίσουν τους διάφορους -ωμικούς τομείς (-omics) και θα εστιαστούν κυρίως στην μεταγραφωμική. Θα κατανοήσουν την αρχή της μεθόδου των μικροσυστοιχιών και θα εξοικειωθούν με τις διάφορες επιμέρους τεχνολογίες τους (π.χ. μονοκαναλικές-δικαναλικές). Θα διδαχθούν τη δομή των δημοσίων καταθετηρίων μεταγραφωμικών δεδομένων καθώς και το περιεχόμενό τους. Θα μελετήσουν τους αλγορίθμους κανονικοποίησης πρωτογενών δεδομένων μικροσυστοιχιών. Θα εξοικειωθούν με τις στατιστικές αναλύσεις των βασικών προσεγγίσεων στη μεταγραφωμική (αναλύσεις διαφορικής γονιδιακής έκφρασης και γονιδιακής συνέκφρασης) και τις αναλύσεις εμπλουτισμού βιολογικών όρων. Στο εργαστηριακό μάθημα, οι φοιτητές θα δουν πώς εφαρμόζονται τα ανωτέρω στη πράξη.