Για την εύρυθμη λειτουργία του Π.Μ.Σ. διατίθεται η υποδομή του Τμήματος Βιολογίας, η οποία περιλαμβάνει αμφιθέατρα, αίθουσες διδασκαλίας και σεμιναρίων, και ερευνητικά εργαστήρια εξοπλισμένα με σύγχρονο οπτικοακουστικό και υπολογιστικό εξοπλισμό, καθώς και υψίρρυθμη σύνδεση με το δίκτυο. Πιο συγκεκριμένα, για την υλοποίηση των ακαδημαϊκών δραστηριοτήτων του ΠΜΣ «Βιοπληροφορική-Υπολογιστική Βιολογία» η διδασκαλία των μεταπτυχιακών μαθημάτων γίνεται στην Αίθουσα «Γ. Πανταζή», στον Τομέα Βιολογίας Κυττάρου και Βιοφυσικής (ΤΒΚΒ), Τμήμα Βιολογίας του ΕΚΠΑ (2ος Όροφος), στην αίθουσα 50 της Νέας Πτέρυγας του ΤΒΚΒ, στην Αίθουσα Η/Υ του ΠΜΣ που χρησιμοποιείται αποκλειστικά για τις ανάγκες του ΠΜΣ και βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της Σχολής Θετικών Επιστημών, και ενίοτε στην αίθουσα Η/Υ του ΤΒΚΒ.